Cikal bakal berdirinya Politeknik Kelautan dan Perikanan Bitung bersawal dari Sekolah Perikanan Laut (SPL) yang didirikan pada tahun 1957. Sekolah ini dikelola oleh Biro Perikanan Laut Sulawesi Utara dan berlokasi di Jalan Siswa Manado, dengan menyelenggarakan pendidikan dibidang penangkapan ikan setingkat SLTP, dibawah pimpinan Kepala Sekolah : 1. Bapak Bonifasius Watuseke (1957-1960), 2. Bodewein Tungka (1960-1962).
Tanggal 1 September 1962 sekolah ini ditingkatkan statusnya menjadi sekolah menengah atas dengan berganti nama Sekolah Usaha Perikanan Menengah Negeri (SUPM) Manado dibawah pengelolaan Departemen Pertanian sesuai surat keputusan Menteri Pertanian Nomor : 113/2P/2240/1 tanggal 14 Juni 1962 tentang pendirian SUPM Negeri Manado dengan menyelenggarakan program studi penangkapan ikan dan pada tahun 1976 membuka program studi mesin perikanan.
Pada tahun 1982 (SUPM) Manado berpindah lokasi dari Manado ke Bitung dan mulai aktif menyelenggarakan pendidikan pada tanggal 3 Januari 1983. Pada tanggal 14 April 1984 SUPM berganti nama menjadi SUPM Negeri Manado di Aertembaga. Tahun 1988 SUPM Negeri Manado berganti nama menjadi Sekolah Pertanian Pembangunan (SPP) Negeri Bitung dengan membuka program studi baru yaitu Budidaya Perikanan. Selama perjalanan SUPM Negeri Manado dipimpin oleh :
- Bapak Bodewein Tungka (1962-1971)
- Bapak Zakarias Gerung (1971-1991)
- Bapak Ir. Mulyono Sartiman (1991-1995)
- Bapak Ir. Dedy Heryadi Sutisna, MS (1995-2000)
Melalui SK Mendikbud nomor 50076/MPK/PP/99 tanggal 5 September 1999; perihal Persetujuan Pendirian Akademi Perikanan Bitung telah diterbitkan, persetujuan Organisasi dan Tatakerja Akademi Perikanan Bitung oleh Menteri Negara Koordinator Bidang Pengawasan Pembangunan dan Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor : 489/MKWASPAN/PP/99. Dengan surat keputusan Menteri Pertanian Nomor : 1098/Kpts/OT.210/10/1999 tentang organisasi dan tata kerja Akademi Perikanan Bitung.
Dalam perkembangannya pada periode pemerintahan kabinet bersatu jilid 1 Departemen Kelautan dan Perikanan (DKP) maka Akademi Perikanan Bitung secara otomatis dibawah pengelolaan Departemen Kalautan dan Perikanan. Dengan surat persetujuan Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor : 264/M.PAN/10/2002 tanggal 8 Oktober 2002 dan Surat Keputusan Menteri kelautan dan Perikanan Nomor : KEP.54/MEN/2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja Akademi Perikanan Bitung dengan menyelenggarakan program studi Teknologi Penangkapan Ikan dan Mesin dan Peralatan Perikanan.
Dalam perkembangannya Akademi Perikanan Bitung dipimpin oleh :
- Ir. Dedy Heryadi Sutistna, MS (1998-2002)
- Ir. Tatang Taufiq Hidayat, MS (2002-2004)
- Endang Suhaedy, A.Pi, MM, M.Si (2004-2008)
- Ir. Samuel Hamel, M.Si (2008-2014)
Surat Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan RI Nomor : 55/PERMEN-KP/2014, tanggal 17 Oktober 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Kelautan dan Perikanan Bitung, dan diresmikan oleh Menteri Kelautan dan Perikanan pada tanggal 4 Juli 2014 di Sidoarjo, Surat Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor : Kep.04/SJ-KKP/KP.430/I/2015, tanggal 13 Februari 2015 telah ditetapkan Ir. Samuel Hamel, M.Si sebagai Direktur Politeknik Kelautan dan Perikanan Bitung yang pertama :
Politeknik KP Bitung telah dipimpin oleh :
- Ir Samuel hamel, M.Si (2014-2015)
- Dr. Bambang Suprakto, A.Pi, S.Pi, M.Si (2016)
- Dr. M. Hery Riyadi Alauddin, S.Pi, M.Si (2017)
- Ir. Adi Suseno, M.Si (2018 – 2021)
- Daniel H. Ndahawali, S.Pi, M.Si (April 2021 – Sekarang)
